Theo văn bia, ta biết Ngài họ Lê, người làng Bạc Mã, huyện Đồng Xuân, phủ Phú Yên. Ngài sinh vào giờ Thìn tức là khoảng 7-9 giờ sáng ngày 18 tháng 11 năm Đinh Vị, Tây lịch là năm 1667, nhằm niên hiện Cảnh Trị thứ 5 đời vua Lê Huyền Tôn. Ở Thuận Hóa lúc này là vào đời chúa Nguyễn Phúc Tần (1648-1687). Năm Ngài lên sáu tuổi (1672) thì mẹ mất. Có lẽ sự cố này đã làm cho Ngài, tuy còn nhỏ tuổi, song đã hội được cái lý vô thường của vạn vật và nỗi đau khổ của thế nhân, cho nên Ngài đã có ý đi tu. Bia không nói rõ là ngay năm đó, hay đến năm sau tức là 1673, thì thân phụ Ngài chấp nhận lý tưởng này, nên đã đưa Ngài đến chùa Hội Tôn xin học với Hòa thượng Tế Viên, người Trung Hoa đang hoằng hóa tại chùa này. Tư chất thông minh, tâm đạo vững, Ngài thờ Hòa thượng Tế Viên làm thầy, và như thế Ngài đã ở hàng "đồng chơn nhập đạo". Trải qua 7 năm thì một sự cố nữa lại xảy đến là Hòa thượng bổn sư Ngài viên tịch (1680). Lúc này Ngài được 14 tuổi. Có lẽ không có thầy để tiếp tục học đạo, nên rất có thể Ngài đã xin phép phụ thân cho vượt biển ra Thuận đô "tầm sư học đạo".

Sau một thời gian tự đi tầm sư cầu Pháp từ chỗ này sang chỗ khác, đến khi gặp được Thiền Tổ Minh Hoằng Tử Dung thuộc Lâm Tế chánh tông trao cho "công án", trải tám chín năm tham công án không ra; Tổ thấy tự thẹn cho trình độ tu chứng của mình. Đến khi thấy được "bản lai diện mục" lại bị đường sá cách trở không trình thầy được. Khi trình Thiền Tổ (1708), chỉ được khen mà không được ấn khả. Tổ phải lui về tham công án thêm bốn năm nữa; đến mùa hạ Nhâm Thìn (1712); Ngài trình Kệ lên Tổ Tử Dung nhưng vẫn chưa đến chỗ tột cùng. Nếu dùng phương pháp "bổng, hát" của Lâm Tế chính tông, chắc tổ Liễu Quán được nghe một tiếng "hét", hoặc được hưởng một "thiền trượng" của Thiền Tổ Minh Hoằng Tử Dung. Đằng này, theo một phương pháp khác, để soi rọi cơ tâm. Tổ nói:

- Tổ tổ tương truyền, Phật Phật thọ thọ, vị thẩm truyền thọ cá thậm ma?

(祖祖將傳佛佛授受未審傳受個甚魔)

Thiền sư đáp:

- Thạch duẩn trừu điều trường nhất trượng quy mao phất tử trọng tam cân.

(石筍抽倏長一丈，龜毛拂子重三斤)

- Cao cao sơn thượng hành thuyền, thâm thâm hải để tẩu mã, hựu tác ma sinh ?

(高高山上行船深深海底走馬，又作魔生？)

Thiền sư đáp :

- Chiếc giác nê ngưu triệt dạ hống, một huyền cầm tử tận nhật đàn

(折角泥牛撤夜吼，沒絃琴子沒盡日彈)

Một câu văn bia ở tháp Ngài đã viết: "Tứ thập tam truyền y, thuyết Pháp lợi sanh; tam thập tứ tải, tự Pháp tứ thập cửu nhân".

(四十三傳衣說法利生三十四載嗣法四十九人)

Như vậy, là Tổ đã thuyết Pháp lợi sanh trong ba mươi bốn (34) năm. Lấy năm Tổ viên tịch là năm Nhâm Tuất (1742) mà trừ cho 34 năm, thì lúc khởi sự thuyết Pháp và nhận đồ đệ của Tổ là 1708  (1742 - 34 = 1708). Như thế, vào lúc ra Long Sơn trình Tổ Minh Hoằng Tử Dung về sự  liễu ngộ công án vào năm Mậu Tý (1708), nhưng chưa được, Tổ vẫn về thảo am Thiên Thai để khai đạo tràng thuyết Pháp, và trong vài năm, thảo am đã trở thành chùa. Mặc dầu chùa ở rất xa đô thành, nơi núi cao rừng thẳm, nhưng đông đảo tín đồ Phật giáo  Thuận Hóa đã thường vân tập về đạo tràng Thuyền Tôn để tu học và thỉnh Tổ thượng đường thuyết Pháp. Đến năm Nhâm Thìn (1712), Tổ được sơ Tổ Minh Hoằng Tử Dung trao tâm ấn, thì tức khắc chùa Thuyền Tôn trở thành một đạo tràng lớn, có hàng vạn đồ đệ tới lui cầu Pháp. Trong đó có hạng tể quan ở phủ chúa Nguyễn, có hạng môn nhân xuất thân từ các đẳng cấp trong xã hội, có hạng nhà Nho cư sĩ, tuy ở nhà, nhưng vẫn thường lui tới đạo tràng Thuyền Tôn để nghe Tổ thuyết Pháp. Thời hừng đông của Pháp phái Thiền Tử Dung - Liễu Quán khởi sự nảy mầm và phát triển rực rỡ rất mau tại cõi Thuận Hóa và Quảng Nam.

Đã thế, sau khi đắc đạo, Tổ lại trở về Phú Yên để hoằng đạo; đi lại về. Thuận Đô, Phú Yên là con đường hóa đạo, Tổ cứ đi về trong mười năm như thế, cho nên Thiền Lâm Tế Minh Hoằng Tử Dung - Liễu Quán được phát triển rộng rãi vào cả đàng trong. Văn bia viết tiếp: "Nhâm Dần niên (1722) sư lai Thuận Đô trú Tổ đình". Cho đến lúc này, chùa Thuyền Tôn đã trở thành một Tổ đình lớn thật sự, vì đó là nguồn của cả một phái Thiền Lâm Tế của Thuận Hóa nói riêng và Nam Hà nói chung.

Ninh Vương Nguyễn Phúc Thụ (1725-1738) nghe danh Tổ, vừa kính trọng đạo đức vừa có lòng cầu Pháp, xuống chiếu thỉnh Tổ về cung thuyết Pháp cho vương phủ. Nhưng do tâm của Tổ cao thượng, chí Tổ chỉ ưa núi rừng nên Tổ tạ ơn chúa, không về cung phủ.

Các đệ tử ở hàng tể quan, cư sĩ và đại chúng thỉnh Tổ khai  đại  giới  đàn. Tổ biệt xuất dòng Kệ có 48 chữ:

Thiệt Tế Đại Đạo, Tánh Hải Thanh Trừng,

Tâm Nguyên Quảng Nhuận, Đức Bổn Từ Phong.

Giới Định Phước Huệ,  Thể Dụng Viên Thông,

Vĩnh Siêu Trí Quả, Mật Khế Thành Công

Truyền Trì Diệu Lý, Diễn Sướng Chánh Tông,

Hạnh Giải Tương Ưng, Đạt Ngộ Chân Không.

實際代道 性海清澄

心原廣閏 德本慈風

戒定福慧 體用圓通

永超智果 密契成功

傳持妙理 演暢正宗

行解將應 達悟真空

Hai chữ đầu của bài Kệ đã kế tục câu Kệ "Hạnh Siêu Minh Thật Tế" của sơ Tổ Minh Hoằng Tử Dung, cho ta thấy Thiền Lâm Tế Tử Dung - Liễu Quán là dòng thiền chánh tông kế tục không có dứt đoạn một thế hệ nào. Bài Kệ có 48 chữ này cũng là bài Kệ có nội dung bao hàm cái vi tế và diệu dụng nhất của Thiền Tử Dung – Liễu Quán mà Tổ muốn khai thị và hoằng truyền ở cõi Nam Hà vậy.