1. Do chủ trương Thiền Tịnh Song Tu của Thiền sư Thạch Liêm (1633 – 1704) thuộc phái Tào Động:

Thiền sư Thạch Liêm là một trong những người truyền bá Thiền phái Tào Động rất sâu rộng, có thể nói ảnh hưởng của ngài lan tỏa khắp sứ Đàng Trong, Thiền sư nguyên là trụ trì chùa Trường Thọ (Quảng Đông – Trung Quốc) được chúa Nguyễn Phúc Thái (1687 – 1691) cho người sang mời nhưng ngài chưa đi được, mãi đến năm 1694 chúa Nguyễn Phúc Chu (1691 – 1725) cho người sang mời lần thứ ba ngài mới quyết định lên đường. Cùng đi với ngài có trên trăm đệ tử mang theo nhiều kinh tượng pháp khí để tổ chức giới đàn. Đoàn người đi trên hai chiếc thuyền buôn đến đảo Tiêm Bút La vào ngày 27 tháng giêng năm Ất Hợi (1695), chúa Nguyễn cho người ra đón ngài về ở chùa Thiền Lâm. Tháng tư năm Ất Hợi, tại chùa Thiền Lâm, Thiền sư Thạch Liêm đã tổ chức một giới đàn thật lớn, các tỉnh đều có gởi giới tử về dự, số giới tử xuất gia thọ giới Sa di và Tỳ khưu lên đến 1400 vị (Thiền sư Liễu Quán, người có tiếng tăm lừng lẫy sau này cũng  đã thọ giới từ giới đàn Thiền Lâm).
 
Tông chỉ của phái Tào Động dính liền với năm nguyên tắc gọi là Ngũ vị quân thần, đó là năm mối quan hệ giữa Thiên và Chính (nghiêng và thẳng) : Chính trung thiên  (cái thẳng đi vào cái nghiêng); Thiên trung chính (cái nghiêng đi vào cái thẳng); Chính trung lai (cái thẳng trong tự thân của nó); Thiên trung chi  (cái nghiêng trong tự thân của nó); Kiêm trung đáo  (thẳng và nghiêng cùng một tự tính) và chủ trương của Tào Động là : Chỉ quán đả tọa (chỉ cần ngồi thiền mà không cần chủ đề thiền tọa); Tu chứng nhất như (ngồi thiền và đạt đạo là một chứ không phải hai); Vô sở đắc (không trông chờ sự chứng đắc); Vô sở ngộ (không mong sự giác ngộ); Thân tâm nhất như (thân và tâm hợp nhất).
 
Đại khái nguyên tắc và chủ trương của phái Tào Động là như vậy, nhưng Thiền sư Thạch Liêm nhận thấy sự hiểu biết của con người ở xứ Đàng Trong  lúc bấy giờ không được đồng đều, người có học thì ít nhưng người không học thì nhiều, khó có thể tiếp thu những nguyên tắc và lý luận cao siêu, khó có thể dùng tự tâm tự lực để tu chứng, lại càng không thể nào tự chấp nhận Ta chính là Phật, cho nên ngài mới dùng đến một phương pháp khác, đó là phương pháp dùng tha lưc của Tịnh độ tông, niệm lục tự Di Đà để phối hợp với Thiền học, ngài gọi đó là Di Đà tự tính.
 
Trong sách Hải ngoại ký sự, tác phẩm của ngài có một đoạn ghi lại bức thư mà ngài đã gởi cho Tống Thái phi (mẹ của chúa Phúc Chu), nội dung nói về Tự tính Di Đà thuyết như sau: “Vì tôi muốn trở về chùa cũ nên Quốc mẫu xin một vài lời lưu lại để trọn đời thọ trì, nguyện đời đời kiếp kiếp thường được thân cận, cho nên tôi viết những lời sau đây: Trong các con đường tắt để tu hành không con đường nào bằng niệm Phật. Niệm Phật cốt dứt bỏ duyên nợ, chỉ nhớ đến sáu chữ, tâm không tán loạn, niệm phải tin thành, sáng niệm chiều niệm, niệm đến chỗ bất niệm, niệm cho đến chỗ vô niệm, niệm niệm không ngừng, niệm thành một khối đạo hợp thể đồng, cùng cao với trời cùng dày với đất, cùng sáng với nhật nguyệt tinh tú, với núi sông cây cỏ, nhân vật quỉ thần, cùng chung kiếp vận họa phúc sang hèn, nam nữ xa gần qua lại, đói ăn mệt ngũ, hỷ nộ ái lạc … Khi đã cùng vạn vật nhất thể thì nguồn suối Di Đà không còn là của riêng ai mà sẽ được từ tâm ý bất loạn của tự mình chảy ra. Ai nói Di Đà ở phương Tây, lảo tăng ở Quảng Đông, Quốc mẫu ở Đại Việt? Khi nhất niệm đã bất sinh thì chân thể hoàn nhiên hiện bày. Nếu tán loạn một chút thì xa cách Di Đà mười vạn tám ngàn dặm, cách xa lão tăng bốn mươi lăm ngày đường, điều ấy nếu xảy ra là do Quốc mẫu ở bên kia bờ đại dương, trên bờ khước nguyệt, để cho mây lạc căn lay động che mất bản tâm. Căn cứ vào đây mà bàn chuyện hợp tan thì thấy rằng cái thấy cái nghe của ta chỉ là giả hợp vậy. Ví dụ trước mặt ta có trúc biếc, hoa vàng ta cho nó là trúc biếc hoa vàng, đó là vì con mắt ta chạm sắc trần mà có nhận thức vậy. Như gió lay nước chảy dưới hồ sen kia, ta cho là có gió lay nước chảy, đó là vì tai ta chạm nhĩ trần mà có nhĩ thức vậy. Bốn thức khác là tỷ thức, thiệt thức, thân thức và ý thức cũng vậy. Điều cốt yếu là thấy sắc không nhiễm, nghe thanh không đắm, hai tướng động và tĩnh bặt dứt không sinh. Khắp cả hư không đều là Tịnh Độ Duy Tâm tận cùng pháp giới đều là Di Đà Tự Tính. Di Đà đã là tự tính chung thì lão tăng có bao giờ xa Quốc mẫu. Cho nên khi biết rằng nhất niệm đã bao trùm thì trong vô lượng kiếp không có sự tới đi và cũng không có sự ở lại. Lúc ấy chỉ cần nhớ đến lão tăng thì mười phương hư không tự nhiên đều đáp ứng., đâu cần phải đợi lão tăng ngồi trước mặt để nói dông dài. Thế giới nhiều như vi trần, lúc đó không còn cách nhau mảy may nào nữa, chỉ sợ ta thiếu đức tin mà thôi …”.
 
Qua đoạn văn trên, mới thấy sự kết hợp rất tài tình của Thiền sư Thạch Liêm, ngài đã hòa nhập đường lối tu dùng tha lực của Tịnh Độ với phương pháp dùng tự lực của Thiền. Đối vời ngài, Tịnh Độ không ở phương Tây mà ở tại tâm, Di Đà cũng không phải là giáo chủ của cõi Cực Lạc mà chính là tự tính của con người. Ngài rất được chúa Nguyễn trọng vọng, lại vừa là thầy của Quốc sư Hưng Liên, cho nên mặc dù chỉ ở Việt Nam  chỉ có mười sáu tháng nhưng uy tín của ngài rất lớn đối nhân dân xứ Đàng Trong. Vì vậy ngay giới đàn đầu tiên đã có một ngàn bốn trăm giới tử và giới đàn nhỏ kế tiếp cũng hơn ba trăn người. Trước sau đã có khoảng hai ngàn đệ tử xuất gia và nhiều đệ tử tại gia, trong số này có lắm kẻ tài ba lỗi lạc cho nên chẳng bao lâu tôn chỉ và phương pháp Thiền Tịnh Song Tu của ngài lan tỏa khắp xứ Đàng Trong. Thiền học từ đây đã nhuộm màu Tịnh Độ.
 
Nhưng cái chủ trương Tịnh Độ duy tâm – Di Đà tự tính nói thì dễ mà thực hành thì khó, cho nên từ thế kỷ XVII đến nay, nhất là khi Nam Bộ mới được hình thành, con người Nam Bộ trong buổi đầu khai phá đất phải đụng chạm viới thiên nhiên, với thú dữ, với bệnh tật, với nghèo nàn cực khổ nên người ta thích dựa vào thần lực từ các hình tượng bên ngoài hơn, vì vậy cái chủ trương vô thần Tịnh Độ duy tâm – Di Đà tự tính đã bị người ta dần dần biến thành hữu thần, đa số mọi người đều xem Tịnh Độ là một cõi ở phương Tây và Phật A Di Đà là giáo chủ của cõi ấy. Lâu dần người ta lại quen thuộc với cái hình ảnh bên trong Tịnh Độ bên ngoài chùa Thiền và xem đó là điều tất nhiên.
 
2. Do sự hiểu lầm phương pháp Tham Thoại Đầu của Thiền Lâm Tế giống như phương pháp Niệm Phật của Tịnh Độ:
 
Lâm Tế là một Thiền phái Trung Quôc do Thiền sư Chuyết Công mang vào Bắc Việt từ thế kỷ XVII, đến đời thứ tư có một chi phái gọi là Lân Giác Liên Tông do Lân Giác thượng sĩ sáng lập ở Bạch Mai. Có một phái Lâm Tế khác ở Huế do Thiền sư Nguyên Thiều người Triều Châu theo tàu buôn đến Bình Định năm 1665 lập chùa Thập Tháp Di Đà, kế đến lập chùa Quốc Ân ở Phúc Quả (Thuận Hóa) và sau cùng về xã Hà Trung huyện Phú Lộc (Thuận Hóa) trụ trì và tịch ở đây. Ngoài ra còn có các Thiền sư : Viên Cảnh, Viên Khoan, Minh Hoằng, Giác Phong, Từ Lâm, Pháp Bảo, Pháp Hóa, tế Viên … cũng có công truyền bá phái Lâm Tế trong buổi đầu ở xứ Đàng Trong. Khi Nam Bộ được hình thành các chi phái Lâm Tế ở Miền Bắc, Miền Trung đã theo bước chân của những người di cư dần dần có mặt ở Nam Bộ.
 
Năm Thiền phái có nguồn gốc từ Lục tổ Huệ Năng làTào Động, Vân Môn, Pháp Nhãn, Quy Ngưỡng và Lâm Tế đều là Thiền đốn  ngộ, đa số đều chủ trương thấy tánh trước rồi khởi tu sau, cho nên tu ít mà kết quả nhiều. Chỉ riêng những Thiền sư sáng lập phái Lâm Tế (Trung Quốc) và một số Thiền sư của Thiền phái Vô Ngôn Thông (Việt Nam) lại nghĩ rằng : Con người, trừ những bậc đại căn trong một câu nói hoặc một chút suy tư có thể thấy liền bản tính, còn đa số mọi người đều có nghiệp chướng nặng nề do bởi ý niệm phát sinh liên tục nên rất khó trực nhận bản tánh. Vì vậy cần phải cột ý nghĩ lại trong “ một cái nghi vấn “ nào  đó, rồi tiếp tục nghĩ tưởng sống chết với “cái nghi” để cho đến lúc cái nghi thành khối gọi là “nghi tình”, đến lúc tất cả đều quên chỉ còn lại một cái nghi, không cần khởi nghi cũng vẫn nghi, đó gọi là giai đoạn “đầu sào trăm thước” cho đến lúc cái nghi tan rả sẽ ngộ đạo.
 
Các câu nghi vấn của các Tổ dạy ngày xưa gọi là Công án, các câu nghi vấn của các thầy tùy hoàn cảnh đặt ra cho thiền sinh gọi là Thoại đầu. Thật ra Công án hay Thoại đầu cũng đều giống như nhau. Thí dụ những câu :”chết rồi ta về đâu? ” hoặc “trước khi sinh ra ta là ai?”, khó ở chỗ vừa nói ra thành lời gọi là thoại vĩ, Thiền sinh phải “tham” ở chỗ vừa nói rồi của câu hỏi trước khi đề khởi câu hỏi tiếp theo (thí dụ :”chết rồi ta về đâu?” nghi vấn đặt ở đây ”chết rồi ta về đâu”…).
 
Khởi cái nghi của các câu Công án (hay Thoại đầu ) gọi là Tham Thiền, đây là phương pháp lấy độc công độc, nếu không thành công thì hậu quả rất tai hại, theo Thiền sư Thanh Từ có thể chết nơi khờ dại. Phương pháp vừa khó hiểu, khó sử dụng lại nguy hiểm cho nên khó tồn tại được lâu ở Nam Bộ. Đối với người Nam Bộ nhất là trong thế kỉ XVIII và XIX đa số là người lao động, họ khó phân biệt giữa hai khái niệm “tham” và “niệm” vì tham và niệm cũng là những hình thức lập đi lập lại của câu nói, nhưng “tham”” là đặt cái nghi liền sau câu hỏi cho đến khi không cần đề khởi câu hỏi mà khối nghi vẫn hiện hữu, còn “niệm” là chỉ tập trung tư tưởng đến chổ nhất tâm bất loạn trong một câu nói được lập đi lập lại nhiều lần.
 
Bởi khó phân biệt như thế cho nên người Nam Bộ đã vô tình biến “ Tham Thoại Đầu “ thành “ Niệm Thoại Đầu” và rồi họ lại nghĩ đi niệm một câu vô nghĩa thì thà rằng niệm Phật hữu ít và đơn giản hơn, lại dễ dàng “cầu xin điều này điều nọ”. Thế là câu niệm lục tự Di Đà lần lần thay thế các câu của Công án và Thoại đầu có vẻ bí hiểm. Đó là lý do thứ hai cho sự có mặt của phương pháp Tịnh Độ trong các chùa Thiền.